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Na Idade Média as igrejas eram utilizadas como necrópole dos lugares onde eram erguidas. A Igreja da Misericórdia de Alvalade foi, durante quase trezentos anos, a última morada de varias pessoas que desejaram ser ali sepultadas. As sepulturas eram anónimas, abertas em forma de covacho, exíguas e acumulavam, no mesmo espaço, vários indivíduos ao longo dos tempos. Esta acumulação testemunha o forte desejo de serem enterrados em solo sagrado, tradição esta que chegou com o advento do Cristianismo. Sepultava-se no interior e exterior da igreja, sendo que o interior destinava-se aos mais ricos.

O trabalho cientifico desenvolvido na Igreja da Misericórdia de Alvalade, nomeadamente os trabalhos de escavação arqueológica e antropológica foram efectuados com todo o respeito e dignidade que o espaço justifica e os alvaladenses merecem. É indispensável para o estudo e conhecimento da história da vila e do edifício, pois pode determinar entre outras coisas: a idade à data da morte dos indivíduos, sexo e patologias que ficaram registadas nos ossos do esqueleto humano.

Do trabalho de campo realizado no altar-mor, foram identificadas duas sepulturas. Julga-se que uma pertenceu ao Dr. João Ribeiro Lyma, segundo foi possível constatar no âmbito da investigação documental realizada no Aquivo Distrital de Setúbal (refere o sepultamento). Nesse sentido, crê-se que a outra sepultura pertenceu a Fructuoso Pires (fundador da Igreja da Misericórdia) uma vez que o padre Jorge de Oliveira refere que o local original da epígrafe era no altar-mor, e que hoje se encontra encastrada na parede norte do edifício. Relativamente à nave, verificou-se uma constante reutilização e alteração do espaço para se proceder a sucessivos e contínuos enterramentos. Foram exumados 33 indivíduos em enterramentos primários, 29 adultos e 4 não adultos. Nos ossários, contabilizou-se um número mínimo de 28 indivíduos e 9 não adultos. Na sua totalidade, temos um número mínimo de 70 indivíduos (57 adultos e 13 não adultos).

O estudo dos vestígios ósseos proporciona abundante informação sobre o modo de vida e as causas da morte dos homens do antigamente, isto é, permite conhecer os antepassados através do esqueleto humano.

O enterramento cristão

Todos os indivíduos exumados na Igreja da Misericórdia de Alvalade foram sepultados nem posição cristã (cabeça para oeste e pés para este), excepto um individuo, sepultado no altar, que se encontrava na posição inversa. Este individuo poderá corresponder ao fundador da igreja, Fructuoso Pires. Todos se encontravam em posição de decúbito dorsal, com os membros superiores sobre o peito em posição de reza ou simplesmente colocados em cima deste, cruzados ou paralelos. Os indivíduos eram envoltos numa mortalha e depositados dentro da sepultura, directamente sobre o solo. Há a excepção de uma mulher que foi enterrada dentro de um caixão. Alguns indivíduos eram enterrados com algum espólio.

_Rui Fragoso e Sofia Tereso  in “A Necrópole da Igreja da Misericórdia de Alvalade – Escavação Arqueológica e Antropológica”, 2013.